國家中醫藥管理局“林下中藥材綠色發展重點研究室”的建設工作依托云南農業大學，研究室主任為中國工程院院士、“時代楷模”朱有勇院士。研究室以促進林下中藥材種質資源保護與利用、良種繁育、健康種苗生產、林下生態種植、產地加工、產品溯源、等全產業鏈的科研和發展為目標。通過利用豐富的林地資源，利用生物多樣性“相生相克”和“生境耦合”原理，讓“中藥材回歸山野林中”，實現“高品質、高效益、低成本”的林下有機中藥材種植生產。
研究方向
研究室主要圍繞以下三個研究方向開展工作：
一、林下中藥材資源保護與品種化關鍵技術研發
1、林下中藥材資源保護與挖掘。結合全國中藥材資源普查，探明林下陰生藥用植物資源狀況。圍繞當地道地中藥材品種三七、天麻、滇重樓、滇黃精、石斛、白及等特色中藥材，開展種質資源收集、評價與保護研究，以高校、科研院所和企業為主建立重要陰生藥用植物資源圃，并建立種質資源收集、保存和評價技術體系。
2、構建林下中藥材品種化關鍵技術。開展林下藥用植物良種選育研究，定向選育優質、高效、抗逆性強、抗病蟲害的林下藥用植物新品種并開展林下中藥材良種審（認）定工作，加速良種化進程。加快林下藥用植物良種的繁育速度，建立良種繁育基地，積極開展良種選育。
二、林下中藥材有機種植原理及全產業鏈關鍵技術研發
1、研究林下有機種植藥效提升和實現有害生物生態控制的理論基礎。研究不同森林樹種—不同中藥材環境間的互作關系，明確適宜不同中藥材種植的林下生境特征、土壤理化特性及微生物功能、化感作用、中藥材干物質和品質形成機理等一系列復雜問題，闡明中藥材林下優質生產機理。
2、構建立林下中藥材標準化種植體系。研發林下中藥材種植關鍵技術，制定林下中藥材種植技術規范和標準，從種植地土壤檢測到園地管理均實行認證，從源頭確保林下中藥材的道地性、安全性和優質性，推進林下有機中藥材種植產業健康發展。
3、構建林下中藥材質量追溯體系和標準。構建從林下中藥材產品種植、生產、流通和消費等環節的質量追溯與評價體系，形成完整的“來源可查、去向可追、質量可控、責任可究”的信息溯源鏈條，實現產品的全周期信息可追溯，保障林下中藥材的安全性和真實性。
4、構建林下中藥材品質檢測體系和標準。研究林下中藥材的品質特征及形成機制，闡明林下與農田生產的中藥材的成分構成、含量特征及其指紋圖譜差異，制定林下中藥材質量標準，確保林下中藥材的品質。
5、構建林下中藥材功效和產品質量標準。研究林下中藥材的功效特征，評價藥效活性，建立功能和品質控制指標，建立林下中藥材的優質質量標準體系；制定林下中藥材產品標準，助推林下中藥材品牌建設和推廣。
6、構建林下中藥材產地加工關鍵技術。集成現代工藝、標準和裝備將林下中藥材產地加工過程中采挖、清洗、烘干、凍干、炮制、貯藏、包裝等環節有機的聯系起來，實現林下中藥材產地加工的流水線集中生產，有效保證林下中藥材及飲片的質量穩定性和均勻性。
三、林下中藥材可持續發展關鍵技術研究和生態評估
1、加強研究林下中藥材產業發展的合理布局與嚴格管控。探索建立“林地管控、專家授權、企業承諾”的林下中藥材有機種植審批管理、合作機制。依據可用林地和發展條件，合理布局，控制規模，防止破壞林地行為出現。通過科學規劃、年度計劃實施、強化管控、適時調節，切實把林下中藥材發展的規模控制在最合理的范圍。
2、研究多種林下中藥材循環可持續的種植技術
針對中藥材生產周期較長，重茬栽培連作障礙較重的現象，加強開展林下中藥材連作障礙原理與克服技術的研究，同時構建林下中藥材循環種植的生產模式，實現林下中藥材的可持續和永續栽培。
3、研發林下中藥材生態評估關鍵技術。對比分析純林和林下種植林下中藥材的森林生態系統，進行全方面及功能性評估。研究不同土地利用類型是否改變了中藥材生長和有效成分累積，探討土地類型的轉換對林下中藥品質的影響因素。開展林下種植中藥材后森林生態系統的多功能性評估，明確生物多樣性對生態系統多功能的影響。針對林下中藥材種植作業使林地枯落物層的水文生態功能，林地土壤的結構性和抗蝕性能的變化，研究林下種植作業對水土流失的影響程度，評價林下中藥材種植對對水土流失的影響。
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